當藥物對癲癇病情沒有明顯作用時，一些癲癇患者便會采用手術治療，對腦皮質病灶進行切除，通過開顱手術直接切除癲癇病灶或阻斷傳導通路。開顱手術有非常大的風險，術前必須嚴格檢查，確定患者的條件適宜才可以進行手術。常見的治療癲癇的外科手術有：

　　腦皮質病灶切除術

　　適宜對象是：癲癇患者年齡在5歲以上；頻繁發作并影響了日常的生活和學習；病灶位于大腦皮質，定位明確并與臨床表現、腦電圖、腦電地形圖一致；經過正規的藥物治療但仍不能控制癲癇的發作者。引起癲癇的病灶不在大腦的重要功能區。腦皮質癲癇病灶切除術只能減少癲癇的發作次數，或輔以少量藥物才能控制。不過這種手術是治療癲癇效果#!好的一種。

　　一側顳葉切除術

　　適宜對象是：有輕微癲癇發作，如訴說視力突然看不清，聞到一種怪味；或從床上突然爬起，出外走動，但意識多無障礙。有時也可表現為無故的恐懼焦慮，言語遲鈍，情感淡漠，活動減少，經多次腦電圖檢查確認癲癇病灶位于一側。經CT或核磁共振檢查證實有局限性病變。如果癲癇病灶超過了術前或術中所估計的范圍則手術效果不太理想。

　　大腦半球皮質切除術

　　適宜對象是：癲癇患者有明顯的圍產期腦部損傷史，表現為偏癱，手的功能減退，乃至完全喪失，智力低下，性情暴躁，行為沖動，破壞物品，癲癇發作頻繁。藥物治療幾乎完全失效。CT或核磁共振檢查發現一側大腦半球完全萎縮或腦室擴大。表明有病變的大腦已完全變性，必須予以切除。