任何手術都可能受到某些因素的影響而產生各種各樣的并發癥，盡管并發癥發生的概率很小，但如果出現后要積極配合醫生的治療。癲癇手術中可能出現的并發癥主要包括：

　　傷口感染：是常見的手術并發癥，由于個體差異，患者的抵抗力不一樣，手術傷口感染的風險也不一樣。

　　麻醉的危險性：對麻醉藥物過敏、休克、急性心肌梗死或心律不齊、心臟衰竭、肺水腫、急性腦中風等。

　　術中術后出血：可能會并發硬膜外、硬膜下及腦出血。另外即使術中止血非常仔細#@，原致癲癇區切除處仍可能并發術后出血。

　　腦水腫：腦組織由于術中長時間牽引或局部血流受到影響，有時術中或術后會有腦水腫現象，這種情況在以腫瘤為致癲癇原因的患者當中尤為明顯。若是有腦水腫現象，可給予降腦壓藥物控制，嚴重時甚至需行緊急減壓手術。然而一般如顳葉切除術，術前即會投予預防腦水腫藥物，術后因腦部切除后遺留空間很大，不需要再次給予降腦壓藥物。

　　神經精神方面的并發癥：包括腦神經麻痹、視野缺損、失語、遺忘、原有損害癥狀的復現、精神疾病等。

　　植物人或死亡：上述并發癥若無法有效控制并惡化，有可能會進展為植物人狀態或死亡。