癲癇的外科治療也不能百分之百的控制癲癇發作，有時也可導致手術失敗，需要二次手術治療。導致癲癇手術失敗的原因很多，如：

　　顱內病變有時為致癇灶的一部分或緊鄰致癇灶，由于生理和解剖的限制，致使病變周圍致癇灶切除不#@，此種情況約占顱內病變所致癲癇病人術后需再次手術的23%。

　　致癇灶范圍廣或致癇灶范圍難以確定，手術難以#@切除。

　　繼發性癲癇灶處理不當，致使術后癲癇繼續發作，此種情況約占所有再次手術患者的20%～62%。

　　顳葉癲癇的雙重病理改變處理不當，顳葉內側結構切除范圍不夠，殘存杏仁核過大，只切除一側病變等，均可導致癲癇發作。

　　手術創傷、電生理定位錯誤、臨床表現定位錯誤、手術方式選擇錯誤、術后抗癲癇藥物應用不當等也可導致癲癇術后發作。

　　癲癇誘因作用，癲癇術后患者發生頭外傷、過度飲酒、腦炎、高熱、相關藥物作用、驚嚇、過度勞累、遺傳易感因素等，均可導致癲癇術后發作。

　　手術方式認識錯誤，手術本身就有失敗的可能性，如胼胝體切開術癲癇控制改善只有20%～90%不等；迷走神經刺激術治療癲癇總有效率為50%～70%。