癲癇病的診斷是一個比較復雜的過程。有時候，一些癲癇的癥狀，非常不容易被發覺，譬如一些頭痛性癲癇，發作時醫生常常誤診為偏頭痛，還有腹痛性癲癇，發作時常常被醫生誤診為普通的肚子痛。這些癲癇的癥狀在臨床上是極為罕見的，但如果不做詳細的鑒別，就輕率地診斷頭痛、肚子痛，顯然是錯誤的。

癲癇專家表示：癲癇診斷中應注意兩大問題，、是癲癇發作還是非癲癇發作;第二、是癲癇還是癲癇發作。目前出現一種癲癇診斷擴大化的傾向，切忌把任何發作性癥狀，都視作癲癇性發作，而忽視了其它常見的發作性疾病，如果臨床診斷不清者，必要時行長程視頻腦電圖檢查，以明確診斷。

但同時，專家也強調，在臨床發作性疾病的診斷中，也要防止將一些非典型性的癲癇發作，如不典型失神、復雜部分性癲癇發作、嬰兒痙攣等誤診為非癲癇性發作。

有些患者可能同時有癲癇發作和非癲癇發作。臨床醫生如果忽視了在原有的癲癇基礎上合并其他發作性疾病、或非癲癇性發作，應注意鑒別。如果把非癲癇性發作誤以為是癲癇發作，常可導致久治不愈的難治性癲癇。

在2001年，國際抗癲癇聯盟制定的關于癲癇發作和癲癇診斷的新分類方案中，列舉有癲癇發作但不應診斷為癲癇的8種情況：

1、良性新生兒驚厥

2、熱性驚厥

3、反射性發作

4、酒精戒斷性發作

5、藥物或其它化學物質誘發的發作

6、外傷后即刻或早發性發作

7、單次的癲癇發作，一般不診斷為癲癇，除非有持續再發的傾向和基礎

8、極少發生的重復性發作。